O SAAE, entidade autárquica municipal, foi criado pela Lei Municipal de n° 377 de 03 de agosto de 1965. Durante mais de 30 anos esteve submetida à administração da Fundação de Serviços de Saúde Pública – FSESP, hoje Fundação Nacional de Saúde – FUNASA, mediante a Lei de Autorização de n° 434 de 07 de outubro de 1965, renovada em 28 de julho de 1986, com validade de 15 anos.
Antes da criação do SAAE, a cidade de Alagoinhas era abastecida por córregos e poços rasos individuais, cuja coleta e transporte eram feitos em latas e barris, muitas vezes com a utilização de animais de carga. A implantação do projeto de abastecimento de água da cidade ocorreu através de convênio celebrado entre a Prefeitura Municipal, FSESP e o Banco Interamericano de Desenvolvimento – BID. O Sistema entrou em operação no dia 01 de setembro de 1969, porém sua inauguração oficial ocorreu somente em 24 de janeiro de 1971.
Segundo trabalhadores que atuaram na estruturação do Serviço de Abastecimento de Água no período de 1966 a 1975, foram implantados os principais elementos da administração, captação e distribuição de água na sede do município. Em outubro de 1999, a FUNASA encerrou o convênio de administração do SAAE, e a Prefeitura Municipal passou a gerir de fato a autarquia.
A princípio através da nomeação de uma comissão de secretários municipais, depois, em 2000, assume o SAAE a primeira direção nomeada diretamente pela Prefeitura Municipal.
